宝马X6的内部采用与大多数轿跑车相似的2+2布局，前面两个座位相比轿跑车的更为宽大一些，活动范围也更广。当然这并不意味着前排与运动没有任何瓜葛，座椅的侧面支撑相当到位，但没有运动型车的压迫感。在中控台侧面增加了膝部支撑，虽然只是个小细节，在激烈驾驶以及放松时确实有很大的作用。

　　后排为两个标准座椅，在不安装第三个选装座椅的情况下，后排两个乘客中间可以视作一个小茶几，拥有大尺寸杯架和较为丰富的储物空间。中间的扶手也十分宽阔，舒适性没问题。快速下降的C柱和车顶内部进行了针对性的凹陷设计，1米8左右的乘客坐进去稍微有些压抑，但乘坐女性或是孩子绝对没有问题，空间也比轿跑车宽敞不少。

　　在空间优待之外，后排乘客还拥有独立的DVD影音系统。这一系统包含一个8英寸的可折叠显示屏，一个DVD播放器以及丰富的视频接口以及一个遥控器。后排显示屏开关有些难找，遥控器的上手难度非常低。这一系统还支持电视功能，但是国内的资源较少，实用性不高。再加上四区域空调和后排座椅加热以及手动遮阳帘，后排的待遇已经接近行政级轿车。

　　除了后排之外，宝马X6的后备箱也有很高的实用性，通常情况下容积为570L，将后排完全放倒后容积可达1450L。后备箱下沿采用金属包裹耐磨且具有装饰效果，唯一的遗憾就是下沿的离地高度过高，重物收纳有些费力。如果后备箱还不能满足需要，车顶还可额外负载大件行李，承重达100kg。