案由分析：

　　《担保法》第七十八条规定“以依法可以转让的股票出质的，出质人与质权人应当订立书面合同，并向证券登记机构办理出质登记。质押合同自登记之日起生效。股票出质后，不得转让，但经出质人与质权人协商同意的可以转让。出质人转让股票所得的价款应当向质权人提前清偿所担保的债权或者向与质权人约定的第三人提存。以有限责任公司的股份出质的，适用公司法股份转让的有关规定。质押合同自股份出质记载于股东名册之日起生效。”

　　最高人民法院关于适用《中华人民共和国担保法》若干问题的解释第一百零三条规定“以股份有限公司的股份出质的，适用《中华人民共和国公司法》有关股份转让的规定。以上市公司的股份出质的，质押合同自股份出质向证券登记机构办理出质登记之日起生效。　　以非上市公司的股份出质的，质押合同自股份出质记载于股东名册之日起生效。”

　　根据上述法律和司法解释的规定，对于以有限责任公司的股权和非上市公司的股份作为出质的质押合同，不需要到相关主管部门办理出质登记，只要将股份出质记载于股东名册之日起质押合同就生效了。

　　根据公司法第三十三条的规定，有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：（一）股东的姓名或者名称及住所；（二）股东的出资额；（三）出资证明书编号。记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。

　　在实际操作中，以有限责任公司的股权和非上市公司的股份作为出资的，出质人与质押人签订质押合同，将股份出质情况记载于股东名册后，质押合同就生效了。但是根据公司法的规定，公司只需将股东的姓名及其出资额向公司登记机关登记。当股东的姓名及其出资额发生变更的，才需要办理变更登记，未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。而在股权出质时，股权出质情况登记于股东名册后，是不需要办理登记手续的。虽然担保法规定，以有限责任公司的股份出质的，适用公司法股份转让的有关规定。但由于未办理质押登记，公司登记机关不了解公司股权的质押情况，如果出质人背着质权人转让、变卖股权，公司登记机关很可能就按照一般股权转让的程序给予办理股权转让手续，因而无法保证质权人的合法权益。

　　此外担保法虽然规定，“以有限责任公司的股份出质的，适用公司法股份转让的有关规定。”但股权出质毕竟不同于股权转让，担保法仅作出原则性的规定，而没有具体的实施细则，使得在以股权出质时，很难有效保护质权人的合法权益。

　　建议：

　　1、  修改《担保法》第七十八条的规定，对以有限责任公司的股权和非上市公司的股份作为出质的，质押合同应向公司登记机关办理出质登记，质押合同自登记之日起生效。

　　2、  进一步明确股权质押登记的主管机构，并明确其登记职责。

　　3、  完善股权质押登记的具体操作性要求，明确具体的登记流程，在确定流程时，应以实现方便登记为目的，应强调登记机构履行登记职责的义务，以维护当事人的合法权益。

　　4、  明确具体的收费标准。建议统一实行按件收费的原则，最大限度地杜绝登记机构乱收费或随意变更收费规则的做法，以降低成本，促进交易。